#68 Phylogenetic inference from raw reads and Read2Tree with David Dylus

the bioinformatics chat

Вміст надано Roman Cheplyaka. Весь вміст подкастів, включаючи епізоди, графіку та описи подкастів, завантажується та надається безпосередньо компанією Roman Cheplyaka або його партнером по платформі подкастів. Якщо ви вважаєте, що хтось використовує ваш захищений авторським правом твір без вашого дозволу, ви можете виконати процедуру, описану тут https://uk.player.fm/legal.

1y ago 49:11

MP3•Головна епізоду

In this episode, David Dylus talks about Read2Tree, a tool that builds alignment matrices and phylogenetic trees from raw sequencing reads. By leveraging the database of orthologous genes called OMA, Read2Tree bypasses traditional, time-consuming steps such as genome assembly, annotation and all-versus-all sequence comparisons.

Links:

Inference of phylogenetic trees directly from raw sequencing reads using Read2Tree (David Dylus, Adrian Altenhoff, Sina Majidian, Fritz J. Sedlazeck, Christophe Dessimoz)
Background story
Read2Tree on GitHub
OMA browser
The Guardian’s podcast about Victoria Amelina and Volodymyr Vakulenko

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

70 епізодів

#Bioinformatics #Genetics #Algorithms #Ngs #Roman Cheplyaka #Biology #Science #Natural Sciences #Sequence #Genomics