#61 3D genome organization and GRiNCH with Da-Inn Erika Lee

the bioinformatics chat

Вміст надано Roman Cheplyaka. Весь вміст подкастів, включаючи епізоди, графіку та описи подкастів, завантажується та надається безпосередньо компанією Roman Cheplyaka або його партнером по платформі подкастів. Якщо ви вважаєте, що хтось використовує ваш захищений авторським правом твір без вашого дозволу, ви можете виконати процедуру, описану тут https://uk.player.fm/legal.

4+ y ago 1:09:41

MP3•Головна епізоду

In this episode, Jacob Schreiber interviews Da-Inn Erika Lee about data and computational methods for making sense of 3D genome structure. They begin their discussion by talking about 3D genome structure at a high level and the challenges in working with such data. Then, they discuss a method recently developed by Erika, named GRiNCH, that mines this data to identify spans of the genome that cluster together in 3D space and potentially help control gene regulation.

Links:

GRiNCH: simultaneous smoothing and detection of topological units of genome organization from sparse chromatin contact count matrices with matrix factorization (Da-Inn Lee and Sushmita Roy)
GRiNCH Project Page
In silico prediction of high-resolution Hi-C interaction matrices (Shilu Zhang, Deborah Chasman, Sara Knaack, and Sushmita Roy)

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

70 епізодів

#Bioinformatics #Genetics #Algorithms #Ngs #Roman Cheplyaka #Biology #Science #Natural Sciences #Sequence #Genomics