#76 Getting Out Of The Comfort Zone NeuroRadio podcast

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新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes ( 番組HP ): 抱負イーロン・マスクはH-1Bに賛成米国PhD持ちにはGC? バイデンがやってること J1 の2 years rule waiver おたよりおたよりフォーム前回のおたより回佐野さんの回小川誠二先生ベル研究所あの論文 1 2 松井さん柳下さん Neuroでの北沢萩原シンポジウム吉良さん Huberman Lab Podcast Night Science Podcast George回 Yanai アメリカでラボを持つことになったYukiさん千歳さん回 Addgene Penn vector core の transfer UNCのvector core Kimberly Ritola Adam Hantman MouseLight Jayaram Chandrashekar Armamentarium Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない Rafael Yuste Sydney Brenner の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき齋藤さん回 1 2 3 齋藤さんラボHP 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選えめさん回 Three photon imaging ventralでもなかった In vivo透明化パプリカパウダーボイデンラボから今井ラボから根本ラボから JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene mStayGold 1 2 3 Comparison StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある場所細胞のhyperbolic geometry Torus論文まささん microRNAのTarget Sequence Allenとかで顕著なenhancer AAV CellReadr , RADAR , RADARS ITRのプロモーター活性ミニマルプロモーターの話をした回 CRACM 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4 バインダー設計、例えば 1 2 3 4 AI Scientist Waymo Craniotomy robot 牧野さん回ポッドキャストも置き換えられるかもみなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇) アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)…

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#84 Synthetic developmental biology 3:29:09

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University of Washington の浜崎伸彦さん( @Nobu_Hamazaki )がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes ( 番組HP ): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー留学先の所属ラボ： Jay Shendureラボ留学先でのHuman RA-Gastruloid論文最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー JayのGestalt イベントのレコーディングシュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン下流のBrachyury (T)という転写因子最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文とその数日後にアップロードされた競合論文その１２３４の出版論文としての結果 1 2 3 4 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7 10x sci-RNA-seq3 Smart-seq3 Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ）マーカージーンをGPTに入れると予測してくる Mappingする方法 UMAPのco-embedding Foundation modelを作っていく例今村さんとやっていたgene regulation Zygotic genome activation 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？（pdf）父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもないダーウィン vs ルイセンコ iPSで精子作成している例減数分裂？に関するプレプリントパキテンで止まっている山中論文は24から4へ卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 Polony Sequencing 最近宇宙とか言ってる I-5: 東海岸を縦に貫く道路 At the Helm: Leading Your Laboratory Westlake University 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れないブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった培養ニューロンにゲームさせてる論文 Retinaからのprojectionを再現ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文海馬とTransformerの関連を議論した論文目の実装、イカとの違い流行ウイルス予測の研究エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2 臨界期窓リオープン抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) Anhedoniaの論文加齢と記憶力、最近出た Bipolarのモデルマウスを作るような研究小頭症オルガノイド Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま 4因子発現による若返りベンチャー 1 2 Seattle Hub for Synthetic Biology Cole Trapnell lab 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)…

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#83 Emo 2:38:50

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ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録) Show Notes ( 番組HP ): UW medのハーフマラソン村上春樹のエッセイ腸脛靭帯炎ボストンマラソンのエントリー基準 Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます萩) 萩原(暫定) おすすめデカフ1: Sightglass Coffee 萩原(暫定) おすすめデカフ2:Linea Coffee 宮脇おすすめKarma Coffee V60 手で押すタイプのエスプレッソマシンアーロンチェア Sayl Logitechの575 Mx Ergo S Logitech Lift エレコムのベアリングトラックボールマウス日本では謎に高い NIH Armamentarium NatureでもBluesky移行の記事が出ていた Nikolas Karalisによる Bluesky移行ガイド NeuroRadioのBlueskyアカウント American Football Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです Hiatus Kaiyote - Red Room Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard Darkside Tyler, the Creator Kendrick LamarとSZA トム・ヨークのツアー観光客に成り下がっている写真 The Smile 論文紹介パート論文１： Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました) Richard Palmiter ポスドクにおける仕事先に出たリソース論文の仕事五十嵐さんが最初に出たとき Synapto pHluorine GabaとDopamineが一緒に放出されるケース Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ Plateau Potential NNに出てた呼吸の論文論文２： Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles Paul Blainey ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics Exosomeを使ったケースについてのレビュー Gil Westmeyer ラボから同じ時期に出た類似プレプリント CellNet CROP-seq Evan Macosko Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング Jerzy Szablowski 論文３： Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum Sabatiniラボケータイのラボからのプレプリント GRAB 今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと Robert Datta MoSeq Tail of Striatum の aversive stimulus coding Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩くこの前のSaunders ポスドクのときにいたJanakラボ似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい RealTimeLinux Editorial Notes: ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原) このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)…

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#82 The Art of Communicating 2:24:22

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鹿児島大学の菅野康太さん( @canno696show )がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes ( 番組HP ): 菅野さん個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学法文学部人文学科心理学コース鹿児島大学人文社会学研究科公認心理師アカデミックグルーヴ本から派生した法人清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士公認心理師と臨床心理士の違い東大のサイエンスコミュニケーション副専攻田尾さん国立大学の中期計画 3期 4期文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ半分co-メンター：田川さん早稲田大学人間科学部山元大輔先生 Satori遺伝子山元先生達によるSatori関連の続報長谷川眞理子先生長谷川寿一先生山内兄人先生性分化の研究石浦章一先生による一般向けの本いろいろ菊水先生星野先生岡ノ谷先生苅郷さんの NR回丸山工作先生遺伝研の小出先生高橋阿貴さん武田先生博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位 USVCAM 論文大隅先生個性創発脳の新学術揚妻先生富山大の松本先生産総研の橘さんと一緒に書いた USVSEG 論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う１ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント学生向けのスクラップボックス石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声動物心理学会タッチモニタを用いたマウス実験系 (pdf) 編集長である後藤さん九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭山口のYCAM ゲンロンのシラスかごしま環境未来館くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー担当している講義の一覧スタンフォード監獄実験ミルグラムの罰を与える実験注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性（菅野）マンハッタンで暴動文系のための生命科学岡ノ谷先生の書籍渡辺茂先生脳神経科学イラストレイテッド脳科学辞典ベストティーチャー賞近藤滋先生が自邸で行った研究高木正勝風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント坂井克之先生高木正勝と坂井先生のトークイベント東北大の長神さん情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ…

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#81 Through the Wire 2:58:05

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研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes ( 番組HP ): NotebookLM 元ラボのポスドクの Tweeprint と NotebookLM の BioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事に対する Peter Dayanの文章："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence Kグラント Rutgersが燃えていたツイートの一例五十嵐さんリターン回毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ：k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com この前録った古館さん回スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料 Cython Mex MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった PyQt %##じゃなくて#%%ですね汗 Neurodata Without Borders GitHubをラボノートブックに Benchling ELNの議論最近のEvernote DP2 DP5 DP5はVISAは大丈夫そう論文パート論文１： Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit Liqun Luoラボ種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇) 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文 Toll発現量のグラデ―ションに関する論文この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurin マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文この先報：Teneurinのやつ宮道さんの昔の仕事論文２： The fly connectome reveals a path to the effectome Jonathan Pillow FlyWire祭り Motor Cortex祭り BICCN祭り 2018年にデータ取得は終わっている Davi Bock (今はThe University of Vermont) Clay Reid のところで V1のEMリコンストラクションをやっていた Editorによる序文 Flagship論文 1 2 Neurotransmitterの推定なぜかCellに先に出てた MorphologyからCell Typeの推定構造から機能を推定 Sebastian Seung FlyWireのゲーム EyeWire論文 Anthony Movshon にボコられている動画 Samsungにいった? Mala Murthy のトラッキングの仕事、例えばこれ JaneliaのFly Hemi Brain C Elegansのコネクトーム *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000. 8000個のCell Type *今回のハエはオスでは無くメス Instrumental Variableの論文 2021年のノーベル経済学賞 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩) SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩) Light Fieldでハエ全脳の活動を見る BuzsakiのLog-dynamicl brain Songさんのシナプス強度のLognormal分布線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作普通にNatureでした(萩) DMDM IBL David Rowlandのツイート 1 2 Editorial Notes: NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇) K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)…

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#80 Beyond a predictive machine 2:11:57

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古館さん( @ShoheiFurutachi ) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes ( 番組HP ): 古館さん前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana Witten の Cognitive Demand論文茨城県の県立医療大学パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚千歳さんの NR回河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov Vijay Namboodiri Moserラボ DMDMの論文のレビュワーコメント (pdf) Karel Svoboda Steinmetzの仕事尾藤先生 ASCONA Lake Conference Visual CortexのConnectivity 例えば： 1 2 FENS Massimo Scanziani Cyril Herry Letzkus 内田さん天羽さん SfN 2024 PrincetonのTigerBrain SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series Carlos Brody David Tank Jonathan Pillow Nathaniel Daw Annegret Falkner Tatiana Engel グローバルCOE(pdf) 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング Krakauer Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー UCL Ophthalmology Carandini Andy Peters Ace Hotel Gilles Laurent MPI Collective Behavior Iain Couzin 100匹くらいの魚とか Median Rapheの仕事 Matt Lovett-Baron Deisseroth Losonczy 魚を始めた伊藤さん Chris Harvey Noah Pettit Selmaan Chettih Christopher Zimmerman Science Eppendolf Prize Zachary Knight CTAの仕事について話した回番組で扱ってたのを忘れていた(萩) 宮道先生の TRAP(初代) 五十嵐さんのタスク Nelson Spruston のタスク paAIP2 稲垣さん小宮山ラボ服部さん（現Scripps）の NN2023 大木研村上さん医学部の機能生物学セミナードイツの戸田さん伊丹十三のエッセイ：この２つのどちらか１２黒田さんと中野さんのNR回大木研のLP 林-高木先生ダルメシアンの図 Editorial Notes: ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古) dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩) 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)…

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#79 The Wizard of Fz 3:17:37

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Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes ( 番組HP ): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員）齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト）理研和光キャンパス開拓研究本部トークしたイベント濡木先生西増先生井上梓先生古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報平野清一さんのIsrB構造論文ゲノム編集で病気も治るようになってきたトマトでGABAを増やす魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー）合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg の HERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビ Spizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa Peel-and-paste：これのb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g）転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例登さん Deliveryの話、例えばコレ昔のラボメンはK99取ってたマイキーのPEG10 ジョブハントパート小関先生医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤）東大の真下先生 Cas3の論文五神真先生大阪大学の蛋白質研究所定量研と卓越研究員制度今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー 6人中2人がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ独立後の計画 Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回有識者会議科研費倍増への運動後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達本田圭佑 HFSPミーティング長田重一先生アポトーシスの写真二階堂先生ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）加藤英明先生ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）奥山先生ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文吉田稔先生古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん寺坂さん松田真弥さん松本さん古館さんのNature論文長井淳さん飲みましょう！！！（by齋藤）齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤）理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)…

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#78 It's all mental 1:58:57

рік тому1:58:57

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神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録) Show Notes ( 番組HP ): 日本神経科学会奨励賞一個下の後輩、村上さん元ボス（大木先生、が授賞式に来ていた）元ボス（アンドレアス、が裏枠でトークしていた）のシンポジウム Neuroscience Researchに出した論文長谷川さんの前例 Andrew Holmes 北沢さんとのシンポジウム北村さん尾藤先生 Michael Greenberg の Brain Prize Lecture 後藤先生五十嵐さんが言ってた回今井さんが見つけてきたお店長崎の平和会館佐藤達雄さん Carandini 佐藤さん主催のサテライト企画 Greg Stuart 安田さん Letzkus et al. 2011 Kampa and Stuartの論文田川さん奥野さん知覧特攻平和会館虎に翼 NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩) 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて宮台真司先生が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。 (萩) Jay Shendure NeuroTree George Churchのページボストンでもオーロラが見えたオーロラを観にこの温泉に行きたい (萩) Paperpile SigmaPlot 文献紹介パート：文献１： Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior Alice Ting Yulong Li KORD SPARK CAR-T SynNotch TRUPATHアッセイ TurboID 文献２： Neural circuit basis of placebo pain relief Grégory Scherrer 数年前のPainに関するミニスコープの仕事 Analgesia: 鎮痛プラセボと治験についてのレビュー Fos TRAP 初代二代目 von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf) PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核 Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与 NPAS4 TRAPの論文 Spontaneous ActivityによるHebbian Plasticity EmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージング Adam Cohenの方 MECのLeft-right-alternating theta sweeps LECのイベントストラクチャー表象 Editorial Notes: 朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原) 掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)…

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#77 Timestamping academic life events onto podcast sequels – Part 3 1:37:15

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定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん( @kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録) Show Notes: 北沢さんラボ Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場) Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...) 北村貴司さん北西祐貴さん ( 後藤研メンバー ) Michael Greenberg御大 ERC さきがけ (PRESTO) Linの Biorxiv Lin の Npas4 Cell 2020 論文 Sheena Josselyn / Paul Frankland Sadegh Nabavi 伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179) DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting Greenbergの2014 (Malik et al.) Seattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022) Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立して KCl-IEG実験(Tyssowski2018) とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。 Chao Sun エリンシューマン Anna Klawonn 米原さんフィリッポオーフス大学 BGI Greenberg Fos engram 論文 1 , 2 Fens Kavli Network of Excellence Ryohei Yasuda Peter Scheiffele Yang Dan Ole Kiehn FENS2024 ウィーン Alice Ting Brain Conference 古館さんいまスペインに旅行いくと水かけられる Barcelona anti-tourism protesters fire water pistols at visitors (CNN) FENS2026はMadridらしい池の平ホテル Editorial Notes 「白樺リゾ～ト～池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢) シンポジウム盛会を祈念しております！しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇) 福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)…

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#76 Getting Out of the Comfort Zone 3:10:40

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UC Irvineの五十嵐啓さん( @kei_m_igarashi )再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細は Neuro2024のセッションにて)、R01グラント審査の実際＆それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録) Show Notes ( 番組HP ): 五十嵐さんラボ五十嵐さん回 1 2,3 4 Richard Tsien Paul Glimcher Neuroeconomicsの教科書に結構影響をうけたので残念...(萩) Nicolas Tritsch この前Nature出てた坂野先生 2020 と 2021 に出た論文尾藤先生＠Committee Chair Hannah Monyer 北村さん最初の大学院生がPhDを取った Heechul Jun Jason Lee 横山先生(pdf) 山本先生吉田豊さん内田さん加野真一さん森下博文さん Attila Losonczy Hard money vs Soft money (pdf) ノルウェーのボス学士院の賞訴訟に関する記事訂正：BrandeisではなくTufts 井上夫妻回 1 2 3 4 千歳さん回五十嵐さんのジョブハントメモ Bonhoefferの論文 Earl Miller 五十嵐さん達のNeuro2024でのセッション Rbp4-creなどについてのGENSAT論文 MECからのPerforant PathをLesionするとCA1のPlace Cell場所受容野が曖昧になる ※ただしGrid Cell阻害実験の解釈は分かれている？：Leutgebのこの辺りの論文 1 2 海馬からの興奮性入力がGrid cellの発火パターン形成に必要伊藤さんの Nucleus Reuniensの仕事 MECの恐怖記憶への関与を調べた北村さんの仕事その続報 prefrontalの関与 Hongjun Song 藤澤さん Antonio Fernandez-Ruiz Noah Gray ASCONA meeting Robert Datta Shohei Furutachiさん回 1 2 Lake Conferences Gordon の Basal Ganglia 彦坂先生金子先生松田先生のJN 柳下先生北欧のドーパミン学会IBAGS Dayan Gordon の Frontal Cortex Bruce McNaughton 40 Hzの話アナベル Li-Huei Tsai Buzsakiが出したああいう論文 Gordon のNeurobiology of Cognition Desimone 宮下先生 Brain Initiative 40 % カット NIA NIMH Early Stage Investigator (ESI) Policies LMDNのスタディセクション NIH RePORTER 小宮山先生 CDIN NSF Lake ConferenceのDisease focusedな回 Menno Witter Ted Jones 安田先生のブログポスト NIHのeRA commons 参考： R01で査読者から貰うサマリーステートメントの例 (某ラボの公開gdocs) 参考： R01アプリケーションのサンプル (pdf) PO: Program Officer U01 P Ivan Soltesz Gary Lynch 海軍のグラントOffice of Naval Research 神経科学の達人での講演薬理行動薬理若手研究者の集いでの講演本庶先生の私の履歴書羊土社の留学対談その１その２日本学生支援機構の海外留学支援制度 Editorial Notes: 前回話させてもらったのがついこの前のように感じるのですが、3年も経ったとは。月日が過ぎるのはあっという間ですね。宮脇さん萩原さん、NeuroRadio三年間お疲れさまでした。研究者というのは楽しくも、つらく苦しい人生だと思っていましたが、テニュアがもらえると心の安寧が得られ、見える景色がだいぶ変わってきます。でも、人生で一番ダイナミックだったのは大学院生・ポスドク時だったのも事実です。みなさん、今を頑張ってください！Carpe Diem!! (五十嵐) 非公開アフタートークも楽しかったです、五十嵐さんありがとうございました！(脇) カレルは「俺は人生で一度もテニュア持ったことないぞ」っていつも偉そうに言ってます(萩)…

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#75 Dreaming of dreams 2:02:28

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Northwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん( @yutasenzai )さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録) Show Notes ( 完全版 )：千歳さんラボHP Scanziani lab Buzsaki lab 千歳さんに部屋を貸してもらった回河野憲二先生小川正先生成宮周先生古屋敷智之先生 Michela Gallagher Denis Pare ユーリ: ブザキのこと藤澤先生水関先生 Eran Stark OLM cell specificなCreライン PhD時代の論文その１： Mossy Cellの論文 DRD2-creでMossyがラベルできる、の論文 POMC-creでGCラベル、の論文 NeuroNexusのBuzsaki シリーズを含むカタログ(pdf) 電気生理的な特徴でGranuleを分離する、の論文 ”To our knowledge there are no electrophysiological characteristics with conclusively identify a neuron as a granule cell. In conclusion, it will be necessary in future work to use mode refined neurophysiological criteria combined with anatomical marking techniques for classification of dentate units.” B2B2Bになった Losonczyの論文と Knierimの論文 PhD時代の論文その２： V1で層の特徴量を見つけた論文 Antonio Fernandez-Ruiz Shawn Olsenの論文ポスドクでの仕事 SC-postrhinalを調べた論文 Mu-ming PooとYang DanのActivity recall論文 Adrien Peyrache の、 REM睡眠中Head Directionシステム論文 Robert Wurtz による、サッケードを生み出す回路のレビュー Roger Nicoll Pontine waveとREM Gilles Laurent Reptileにおけるmidbrainのinterhemispheric competitionへの関与井上夫妻の Zoomミーティングに関するアドバイスの回およびノート Feinberg School of Medicine 2pImagingは結構decodingできる (from 大木研) 西本さん神谷さん睡眠中のGrid cellとHDとのcoordination Editorial Notes: 今回はこのような機会を頂き大変ありがとうございます。僕自身、大変楽しませて頂きましたし、これまでのことやこれからのことを考え直すいい機会にもなりました。Northwestern大学で来年1月からLaunchする研究室では、一緒にサイエンスを楽しんでくださるポスドク、学生、ラボテクを絶賛募集中ですので、興味があればいつでもご連絡ください！（千歳）日常会話で海馬の豆知識を出せるようになりたい (脇) なんでデニパレさんのとこには行かなかったのかをきくのを忘れました (萩原)…

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#74 Letters to the editor 2:18:49

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TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録) Show Notes ( 番組HP ): 雑談パート Doudna TEDに出た神経科学学会にDoudnaが来た U-Haul DeepL Write 2021のIntercalated cluster論文 ChatGPT Claude Nature系列がやってる校閲サービス Paperpile Tushy Totoの携帯用Washlet シュピューラーおたより紹介パート押尾学重要度と緊急度のマトリックスビジネス書論文は常に書いていくもの、の出典を書いた George Whiteside 岡本太郎的な Trachtenberg ScanzianiがNeuronに出した Yang DanからNature Mriganka SurからNature 加藤さん回の ChR構造論文佐野さん回あやかさん回研エン神谷先生発火頻度のログノーマル分布 Alison Barthのやつ Toroidal回 GEVI回 Kilosort4論文牧野さん回サットン本藤島さん回麻しんワクチン接種について（Q７）ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像でした Editorial Notets: 優しいおたよりばかりでホッととしました (脇) 健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)…

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#73 The yellow light for RdLight 2:39:39

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健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録) Show Notes ( 番組HP ): たち：白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど) コメント募集！のGoogle Form Querie.me 3年めのJ1ポスドクのタックスリターン IRSのExemption 記述その１ vs 記述その２ SPRINTAX Returns と Calculus 税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事 7000ドル追加徴税の回日米租税条約第２０条廃止について：1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい？ JHUがまとめたフェローシップリスト NIHグラントのEligibility USCIS : 米国市民権・移民業務局のこと Jetstreamの芯が国際規格に６年前でした宮脇が使っているLAMY の万年筆 Faber‐CastellのE-Motion all black 萩原さんが想定していたLAMYの万年筆 (サファリ) ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000 ペン回しの技一覧さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。ぺんてるのシャープレットクリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。文献紹介パート一報目： Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA Arc Institute Patrick Hsu Silvana Konermann 西増先生マイクロスケール熱泳動 Evo 二報目： Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’ Nicolas Tritsch Mohebi et al の Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation Frenemy Bernardo Sabatini と Tritsch のb2b nature Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした SchultzのRPE メンデル捏造？に関する議論のまとめ赤色dLight Mohebi & Berke のNature論文 Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文内田さんの論文最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした Voltage IndicatorのPhotoswitch IRを一緒に当てると褪色が遅くなる Kaede CAMPARI X-CAMP R RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21) 初代mScarlet Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input Stephanie Cragg 三報目： Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP 平林先生 Bio-stationさんのポッドキャスト Franck Polleuxラボ田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文もう一報出てたやつ：Polleuxラボからでした本来のScanning Ion Conductance Microscopy SypHer iATPSnFR Editorial Notes: ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇) 引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)…

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#72 Collaborative professionalism in neuroscience 2:42:18

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北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録) Show Notes ( 完全版 ): 大久保さん個人HP 吉良さん @Chris Harvey Lab 計数工学科 Michael Fee lab FeeラボでのNature論文の日本語版解説 FeeラボでのNeuron論文の日本語版解説 Rachel Wilson lab Neuron論文 Pattern RecognitionとMachine Learning ( PRML ) パターン認識の教科書の表紙 Parallel Distributed Processing (PDP) : 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。 Paul Churchland の本 The Engine of Reason, the Seat of the Soul Patricia Churchland Mark Churchland Anne Churchland Terrence Sejnowski The Computational Brain Dmitriy Aronov の Science論文（HVC破壊してもSubsongは残る） COSYNE Temperatureのやつ鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など Jesse Goldberg の DopamineがPerformance errorをコードしている論文親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動 Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める Genetic Dissectionのレビュー論文 2008 Andreas Luthi と David Anderson のb2b 2010 ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuron というのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降（ここ10年）解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事並木さんの下降性ニューロンの仕事実際split-Gal4作りがうまくいくと（２つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると）、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが（大久保）ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます（大久保）髭さんのキノコ体の電気生理の仕事並木さんの下降性ニューロンの仕事ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain 大学院生がやった行動実験の仕事（嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う） Vivek Jarayaman の仕事ハエDual Patch , 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事ハエのTriple Patch : このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している３つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり！ Janeliaがハエのラインをリリースした（Split-Gal4）風間さん Wade Regehr Bernardo Sabatini Chris Harvey Michael Greenberg 北京脳科学研究所の組織図メンフクロウの音源定位のレビューこの頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか？小西正一先生のobituary Matt Wilson Josh (Siegle) CIBRでのPI公募 The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事 Jakob Voigts Open Ephys DeepLabCut (DLC) Advanced Technology Team Image Analysis Collaboratory @ HMS Institutional Knowledge Instrumentation Core @ HMS 北京脳科学研究所のInstrumentation Core AquiNeuro Cyril Herry Fixstars OpenScope Jérôme Lecoq Mark Schinitzer 異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ている Segment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例） DeeperCut Editorial Notes この度は貴重な機会を頂き、有難うございました！過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保) 自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇) 生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)…

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#71 My Favorite Things 2023 2:11:17

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